Como regente, Juan arregló una tregua de cinco años con Al-Adil I, sultán de Egipto y Siria, en julio de 1212. Durante la tregua, persuadió al papa Inocencio III para poner en marcha la Quinta Cruzada en apoyo del reino de su hija. En 1218 se unió a las fuerzas cruzadas de Occidente en una expedición contra el puerto egipcio de Damieta. Después de una disputa con uno de los jefes de la cruzada, el legado papal Pelagio Galvani, Juan partió de Egipto en febrero de 1220, a donde regresó en julio de 1221 al presenciar la humillante derrota de los cruzados y el abandono del sitio de Damieta.
Estefanía murió en 1219; Juan luego se casó con Berenguela, hija de Berenguela de Castilla, y en 1225 dio a su hija Isabel en matrimonio al emperador del Sacro Imperio Federico II, tratando de conservar sus derechos como regente del reino de Jerusalén. Inmediatamente después del matrimonio, sin embargo, Federico comenzó a oponerse a estos derechos.
En 1228 Juan fue invitado a Constantinopla para ser regente y coemperador con el joven Balduino II y organizó un matrimonio entre este y su pequeña hija María. Coronado en 1231, Juan ayudó a repeler los ataques del zar búlgaro Iván Asen II y del emperador de Nicea Juan III Ducas Vatatzés, pero poco antes de su muerte se vio obligado a solicitar el auxilio de Occidente.