Con la esperanza de reconquistar la Tierra Santa, la Orden se trasladó a Chipre en 1291, donde por concesión de Enrique II de Lusignan, Rey de Jerusalén (más tarde Rey de Chipre), también estableció su sede en la ciudad de Limasol.
De los caballeros de San Juan el Rey de Chipre fundó la Casa Real Guardia, que marchó a la historia como ′′ Caballeros de Espada y Silencio ", es decir, la Orden Soberana de Chipre.
El Gran Maestro hizo un llamamiento a todos los caballeros cristianos: ′′ Debes reemplazar a nuestros caballeros enterrados bajo las ruinas de San Juan de Acre; tienes en tus manos la vida, la propiedad y la libertad de tus hermanos y de todos los cristianos gemidos Cadenas; que todos los hombres cristianos, pertenecientes a Dios, tomen las armas y vengan a liberar el reino y la tierra de sus antepasados, para que los hijos no pierdan vergüenza lo que sus padres conquistaron como hombres de coraje
Fue en el mar cuando la legendaria historia de la Orden se llevaría a cabo a partir de ese momento.
En sus barcos, enarbolando la bandera roja con la cruz blanca octagonal, los caballeros defenderían las caravanas de los peregrinos que se dirigen a los lugares sagrados, y atacarían a la flota musulmana sin tregua.