Inmediatamente después de haber conquistado la ciudad. Godofredo tenía en su poder un importante secreto, un secreto que había estado en conocimiento de su familia desde los tiempos de Jesús. Temeroso de que se perdiera a su muerte, fundó una hermandad secreta —la Orden de Sión— a la que encargó la misión de velar por él transmitiéndolo de generación en generación.
Durante sus años en Jerusalén, La Orden tuvo conocimiento de una serie de documentos enterrados debajo de las ruinas del templo de Herodes, construido a su vez sobre otras más antiguas, las del templo del rey Salomón. Según creían, esos documentos confirmaban el secreto de Godofredo descendiente de los Merovingios por rama materna ( Plantard ) y eran de una naturaleza tan explosiva que la Iglesia no pararía hasta hacerse con ellos. La Orden juró que, por más tiempo que les llevara, debían recuperar aquellos papeles y protegerlos para siempre, logrando así que la verdad no se perdiera. Supuestamente, durante siglos, el Santo Grial, cajas que contenían documentos antiguos y unos restos humanos, fue el mayor secreto de la Orden y de su paradero nunca se dejaba constancia escrita.
Si hacemos caso a los textos procedentes del Priorato, la Orden de Sión tendría en la época de su fundación un poder considerable, eso sí, siempre entre bastidores, llegando incluso a afirmar que los reyes de la ciudad santa debían su trono a esta enigmática sociedad. Así pues, ellos serían los verdaderos artífices de la extraordinaria progresión que experimentaron los Templarios en los años siguientes, obedeciendo todo ello a un plan previamente establecido.
De acuerdo con estas fuentes, al menos cinco de los nueve fundadores del Temple pertenecían a su vez a la Orden de Sión, y se podría decir que en principio el Temple era el brazo armado de la anterior o incluso que ambas órdenes eran una sola, puesto que según parece compartían el mismo Maestre. Sería el caso de André de Montbard, uno de los caballeros originarios de la orden templaría y que llegaría a ser el máximo dirigente de la misma. Pero el tío de San Bernardo consta asimismo como miembro de Sión, con lo que podemos hacernos una idea del hermanamiento entre ambas.
Se cree que su misión era proteger Tierra Santa. Eso es un error frecuente. La idea de la protección de los peregrinos era el disfraz bajo el que los templarios llevaban a cabo su misión. Su verdadero objetivo en Tierra Santa era rescatar los documentos enterrados debajo de las ruinas del templo. Para poder rescatarlos, la Orden de Sión creó un brazo armado, un grupo de nueve caballeros llamado la Orden de los Caballeros Pobres de Cristo y del templo de Salomón. Más conocidos como los Caballeros Templarios. Nadie lo sabe a ciencia cierta, pero en lo que todos los estudiosos coinciden es en que sí encontraron algo enterrado en las ruinas... algo que les hizo ricos y poderosos más allá de lo imaginable. Ya fenecido Godofredo, Los caballeros informaron al rey que necesitaban de algún lugar donde guarecerse y le pidieron permiso para instalarse en los establos que había bajo las ruinas del templo. El rey Balduino lo concedió, y los caballeros ocuparon como residencia aquel devastado lugar de culto, no en vano, Balduino, era Hermano de Godofredo.
El Sancta sanctórum
Se creía que los documentos que buscaba el Priorato estaban enterrados en aquellas ruinas, bajo el Sancta sanctórum o cámara sagrada. Durante casi una década, los nueve caballeros vivieron en aquellas ruinas, excavando en secreto entre los escombros. Al fin habían encontrado lo que estaban buscando. Sacaron el tesoro del templo y regresaron a Europa, donde su influencia pareció acrecentarse de la noche a la mañana. El papa Inocencio II dictó una insólita bula papal OMNE DATUM OPTIMUM por la que se concedía a los caballeros un poder ilimitado y se los declaraba «una ley en sí mismos», un ejército autónomo, independiente de cualquier interferencia de reyes o clérigos, de cualquier forma de poder político o religioso.
Con su recién adquirida carta blanca otorgada por el Vaticano, los templarios se expandieron a una velocidad de vértigo, tanto en número como en peso político, acumulando la propiedad de vastas extensiones de tierra en más de doce países. Empezaron a conceder créditos a casas reales arruinadas y a cobrar intereses, estableciendo de ese modo el precedente de la banca moderna e incrementando aún más su riqueza y su influencia.
El Santo Grial
Durante más de mil años han circulado leyendas sobre este secreto. Toda la serie de documentos que revelan el secreto se conocen con el nombre de Sangreal. Godolfredo de Bouillon ordenó a los templarios recuperar estos documentos del Templo de Salomón para demostrar los vínculos hereditarios de los merovingios con Jesucristo. El Sangreal tiene que ver con la sangre real de Jesús y María Magdalena. La palabra Sangreal ha evolucionado hasta formar un término más moderno, el Santo Grial. Se creía que el Santo Grial era un cáliz y una serie de documentos que revelan un oscuro secreto. Pero los documentos son sólo la mitad del tesoro. Si esos documentos dieron tanto poder a los templarios fue porque descubrían la verdadera naturaleza del Grial.
Siempre se había creído que el Santo Grial era el cáliz en el que Jesús había bebido durante la última cena y con el que, posteriormente, José de Arimatea había recogido la sangre que le brotaba del costado en el momento de la crucifixión. Según el Priorato de Sión, el Santo Grial no es en absoluto un cáliz. Aseguran que la leyenda del Grial, que afirma que se trata de una copa, es de hecho una ingeniosa alegoría. Es decir, que la historia del Grial usa el cáliz como metáfora de algo mucho más poderoso, incluyendo sus referencias simbólicas a la divinidad femenina.
Las relaciones entre la Orden de Sion y el Temple de confraternidad se prolongaría durante aproximadamente unos sesenta años, hasta que, en 1188, un año después de la caída de Jerusalén en manos musulmanas, se produjo un cisma entre las dos órdenes que produjo su separación definitiva. Según el Priorato de Sión, de la pérdida de Tierra Santa sería en gran parte culpable la Orden del Temple, y más concretamente su Maestre Gérard de Ridefort, a los que los documentos «prioré» acusan de traición. Éste arrastró a los Templarios a combatir en la batalla de los Cuernos de Hattin, que significó un auténtico desastre para los cruzados y propició la caída de Jerusalén.
La situación derivaría en que la Orden de Sión se trasladaría a Francia, abandonando a los Templarios a su suerte, sus pupilos y protegidos hasta la fecha. La ruptura de relaciones se simbolizó mediante la tala de un olmo de ochocientos años, en la ciudad de Gisors. A partir de ese momento, la Orden de Sión cambió su nombre por el de Priorato y se dedicó a sus propios objetivos.
La casa Merovingia
El linaje de Cristo se perpetuó en secreto en Francia hasta que en el siglo V, dio un paso osado al emparentarse con sangre real francesa, iniciando un linaje conocido como la Casa Merovingia. Los merovingios fundaron París. Esa es una de las razones por las que la leyenda del Grial es tan importante en Francia. Muchas de las misiones vaticanas para encontrar el Santo Grial eran en realidad búsquedas encubiertas para erradicar a los miembros de la familia real. El rey Dagoberto fue aquel rey de Francia que apuñalaron en el ojo mientras dormía despues de haber pactado con Roma y fue traicionado por esta para implantar a los Carolingios. Finalmente asesinado por el Vaticano y por Pipino de Heristal, que estaban confabulados, a finales del siglo VII. Con el asesinato de Dagoberto la dinastía merovingia casi desaparece. Por suerte, su hijo, Sigeberto, logró escapar secretamente al ataque y perpetuó el linaje, que más tarde incluyó a Godofredo de Bouillon, fundador de la Orden de Sión.