Tras el fracaso de la Quinta Cruzada, el emperador Federico II de Hohenstaufen firmó el Tratado de San Germano (1.225), por el que se comprometía a llevar una cruzada a Tierra Santa, pero por razones políticas había retrasado en varias ocasiones el inicio de su cruzada a Jerusalén.
En 1.225 Federico se casó con Yolanda de Jerusalén (también llamada Isabela), hija de Juan de Brienne (rey nominal del reino de Jerusalén) y María de Montferrato. Por esto Federico tenía aspiraciones al trono de dicho reino, o lo que es lo mismo, tenía una razón poderosa para intentar recuperar Jerusalén.
En 1.227, siendo ya papa Gregorio IX, Federico y su ejército partieron de Brindisi hacia Siria, pero cuando llegó a Chipre, una epidemia les obligó a volver a Italia. Esto le dio a Gregorio la excusa para excomulgar a Federico, por romper sus votos de cruzado. La realidad era que Federico llevaba años luchando por consolidar el poder imperial en Italia a expensas del Papado.
La cruzada
Tras varios intentos de negociación con el Papa, Federico decidió embarcarse nuevamente hacia Siria partiendo de Brindisi en junio de 1.228, llevando fuerzas alemanas, genovesas y pisanas. Llegó Chipre en julio, para alcanzar finalmente Acre en septiembre.
Una vez en Tierra Santa se vio atrapado por la complicada política del Oriente Próximo. Por un lado entre los propios cristianos muchos veían en esta nueva Cruzada un intento de extender el poder imperial. Se produjo por tanto en Tierra Santa una continuación de la lucha mantenida en Europa entre los defensores del Papado (güelfos), y los del imperio (gibelinos).
Del otro lado, los musulmanes tenían sus propias luchas internas, por lo que el sultán al-Kamil estaba el lucha con su enemigo al-Naser, y ambas partes trataron de obtener el apoyo de Federico.
En febrero del año 1.229 celebró un acuerdo con al-Malik al-Kamil, nieto de Saladino y sultán ayyubí, con el que mantuvo relaciones diplomáticas y de amistad con ello los cristianos recuperarían Belén, Nazaret, Sidón y Torón (Ahora Tibnin), además de Jerusalén, exceptuando la Cúpula de la Roca que era sagrada para el Islam y los bandos beligerantes acordarían una tregua de 10 años. Con estos contactos por el contrario, los cristianos reconocerían la libertad de culto para los musulmanes en las ciudades cristianas, debido a esto, el Papa excomulgó a Federico II, una vez más.
El papa, apoyado por la Liga Lombarda, planeó la invasión del reino de Sicilia, por lo que, en 1.229, Federico tuvo que regresar a Europa donde derrotó a las fuerzas lombardas y pontificias.
Diez años más tarde, en 1239, al expirar el tratado firmado por Federico II, la Ciudad Santa fue reconquistada por los musulmanes.