Durante los cien años siguientes, el Reino de Jerusalén se mantuvo en vida como un reino diminuto abrazado en la costa siria. Su capital fue Acre, y apenas incluía un par de ciudades destacadas (Beirut y Tiro), así como soberanía sobre Trípoli y Antioquía. Saladino murió en 1193, y sus hijos lucharon entre ellos tanto como él había luchado con el reino cruzado. Enrique de Champaña murió en un accidente en 1197 e Isabel se casó por cuarta vez con Amalarico de Lusignan, el hermano de Guido. Se fraguó una nueva Cruzada, que sería la Cuarta, pero fue un fracaso absoluto, ya que no se hizo contra los infieles sino contra los propios cristianos, y finalizó con la toma y saqueo de Constantinopla en 1204, ni uno solo de sus cruzados llegó al Reino de Jerusalén.
Isabel y Amalarico murieron en 1205 y otra vez una niña menor de edad, María, hija de Isabel y Conrado de Montferrato, se convirtió en la reina de Jerusalén. En 1210 (con 18 años) María se casó con un experimentado caballero de sesenta años, Juan de Brienne, quien fue capaz de mantener seguro el reino. Se hicieron planes para recuperar Jerusalén conquistando previamente Egipto, lo que se intentó mediante la fallida Quinta Cruzada contra Damieta en 1217, en la cual Juan de Brienne también intervino. Posteriormente Juan viajó por toda Europa buscando ayuda para el reino pero solo la obtuvo del emperador Federico II Hohenstaufen, que se casó con Yolanda, la hija de María y Juan. Federico II llevó a cabo la Sexta Cruzada en 1228, y reclamó el Reino de Jerusalén en nombre de su esposa, del mismo modo que había hecho Juan (y que ya no podía hacer dado que María había muerto). Los nobles de Ultramar, liderados por Juan de Ibelín, se resintieron de los intentos del Emperador de imponer su mandato sobre el reino, lo que derivó en una serie de confrontaciones militares tanto en tierra firme como en la isla de Chipre. Mientras tanto, sorprendentemente, Federico II consiguió recuperar Jerusalén mediante un tratado con el sultán ayubí al-Kamil. Dicha recuperación fue efímera ya que la recuperación apenas incluía una franja de tierra que permitiera defender la ciudad, de modo que en 1244 la ciudad nuevamente fue reconquistada por los ayubíes. Se llevó a cabo una nueva Cruzada (la Séptima) bajo el mandato de Luis IX de Francia, pero sus resultados fueron casi nulos a excepción de que consiguió que los ayubíes fueran reemplazados por los mamelucos, mucho más poderosos y que se convirtieron en 1250 en los peores enemigos de los cruzados.
De 1229 hasta 1268, los monarcas vivieron en Europa y normalmente tenían un reino mucho mayor del que preocuparse. Los reyes de Jerusalén estaban representados por validos y regentes. El título de Rey de Jerusalén fue heredado por Conrado IV el Germánico, hijo de Federico II y Yolanda, y después por el hijo de aquel, Conradino. Con la muerte de Conradino el reino pasó a Hugo III de Chipre. El reino se enzarzó en disputas entre los nobles de Chipre y la tierra firme, entre lo que quedaba de los nobles del Condado de Antioquía y condado de Trípoli (ahora unificados) y cuyos gobernantes rivalizaban por ser los que más influían en Acre, y, por otra parte con las ciudades estado italianas y sus intereses comerciales, estas disputas desembocaron en la llamada "Guerra de San Sabas" en Acre en 1257. Después de la Séptima Cruzada ya no llegaba desde Europa ningún ejército al reino, aunque en 1277 Carlos de Anjou compró el título de rey de Jerusalén a un pretendiente al trono. Nunca puso un pie en Acre pero sí envió un representante, quien, al igual que los representantes de Federico II anteriormente fue rechazado por la nobleza de Ultramar.
En sus últimos años, las pocas esperanzas de los cruzados estaban en los mongoles, a quienes se suponía partidarios de los cristianos. Aunque los mongoles invadieron Siria en varias ocasiones, también fueron repetidamente rechazados por los mamelucos, siendo la batalla más notable la de Ain Jalut en 1260. Los mamelucos, bajo la égida del sultán Baibars, se vengaron del Reino, prácticamente indefenso, conquistando una a una las pocas ciudades que le quedaban, hasta llegar a Acre, el último bastión, que fue conquistado por el sultán Khalil en 1291.
Así, el Reino de Jerusalén desapareció de la Tierra Santa, pero los reyes de Chipre durante décadas urdieron planes para regresar, planes que nunca se llevaron a cabo. Durante la Baja Edad Media y hasta la dinastía trastámara napolitana, varios potentados europeos han utilizado el título de reyes de Jerusalén de los Latinos.