A Balduino II le sucedió en 1131 su hija Melisenda, que reinó junto con su marido Fulco, primer conde de Anjou. Durante su reinado tuvo lugar el apogeo artístico y económico del Reino, con la edición del Misal de la reina Melisenda encargado entre 1135 y 1143, y la construcción de la iglesia del Santo Sepulcro, en estilo gótico occidental, que fue finalmente consagrada en 1149, en el 50 aniversario de la captura de la ciudad.
Fulco, renombrado comandante, tuvo que enfrentarse a un nuevo y peligroso enemigo: el atabeg Zengi de Mosul, que conquistó Alepo. Aunque durante todo su reinado consiguió mantenerlo a raya, Guillermo de Tiro criticó a Fulco por no haber asegurado mejor las fronteras. Los Estados cruzados del norte, además, comenzaron a resentirse de la soberanía de Jerusalén e intrigaron contra el rey. Fulco murió en un accidente durante una cacería en 1143, y Zengi aprovechó esta muerte para conquistar el condado de Edesa en 1144. La reina Melisenda, en aquel momento la regente de su hijo primogénito, Balduino III, designó un nuevo condestable que se convirtió en el nuevo jefe del ejército, Manasés de Hierges.
En 1147 llegó a Tierra Santa una Segunda Cruzada. Los componentes de esta Segunda Cruzada se encontraron en Acre en 1148. Para intentar frenar los avances de Zengi y de su hijo y sucesor Nur al-Din, los reyes cruzados Luis VII de Francia y Conrado III de Alemania decidieron atacar al emir de Damasco, aliado del reino de Jerusalén. Los cruzados occidentales veían en Damasco un objetivo fácil y el joven Balduino III, posiblemente deseoso de impresionar a los monarcas europeos, estuvo de acuerdo con los planes, que se llevaron a cabo a pesar de la oposición de la reina Melisenda y su condestable Manasés, quienes eran de la opinión de que el objetivo principal debería ser la ciudad de Alepo, ya que mediante su toma habría más posibilidades de reconquistar Edesa. La Cruzada acabó con la derrota de 1148 en el desastroso asedio de Damasco.
Melisenda continuó su mandato como regente pese a que Balduino había llegado a la mayoría de edad. Finalmente Balduino derrocó a su madre en 1153; luego ambos llegaron a un acuerdo consistente en dividir el reino en dos: Balduino gobernaría desde Acre en el norte y Melisenda, en el sur desde Jerusalén, aunque los dos sabían de antemano que la situación era inestable. Así, Balduino muy pronto invadió los terrenos de su madre, derrotó a Manasés, y asedió a su madre en la Torre de David en Jerusalén. Melisenda finalmente se rindió y abandonó la regencia dejando a su hijo Balduino III como monarca. No obstante, Balduino al año siguiente la volvió a elegir como regente y consejera jefe. El rey conquistó a los califas fatimíes Ascalón, su última plaza en la costa palestina. Al mismo tiempo, la situación general de los cruzados empeoraba cada día, ya que Nur al-Din consiguió tomar Damasco y de este modo se unificó toda Siria bajo su mandato.
Balduino III llevó a cabo la primera alianza directa con el Imperio bizantino, al casarse con Teodora Comneno, sobrina del emperador Manuel I Comneno. Manuel a su vez desposó a María de Antioquía, prima de Balduino. Pese a ello, el soberano jerosolimitano murió sin descendencia en 1162, un año después de su madre Melisenda, y el reino fue heredado por su hermano Amalarico I. El reinado de este se caracterizó por la lucha encarnizada por el control de Egipto entre Amalarico por un lado y, por otro, Nur al-Din y su astuto subordinado Saladino (no siempre deseoso de actuar). La primera expedición de Amalarico tuvo lugar en 1163, y una larga serie de variables conciertos entre Amalarico, los visires de Egipto y Nur al-Din hizo que se realizaran cuatro invasiones más de Egipto hasta el año 1169. Las campañas en Egipto fueron sufragadas por Manuel I Comneno y Amalarico se casó con otra sobrina de este emperador, María Comneno, aunque de hecho, no se llegó establecer una liga firme entre cruzados y bizantinos. Finalmente Amalarico no logró conquistar Egipto, y Nur al-Din obtuvo la victoria, estableciéndose Saladino como sultán de Egipto. Tanto la muerte de Amalarico como la de Nur al-Din en 1174 afianzaron el dominio de Saladino, cuyo gobierno se extendió rápidamente también por las posesiones sirias de Nur al-Din, rodeando completamente el reino cruzado.
Desastre y recuperación
A Amalarico le sucedió su hijo Balduino IV, enfermo de lepra desde la infancia. Durante su reinado el Estado comenzó a colapsarse internamente. Las alianzas matrimoniales desembocaron en dos facciones que competían entre sí. Una de ellas era el "partido de la Corte", que giraba alrededor de la familia real y cuyo líder era la madre de Balduino IV, la primera esposa de Amalarico, Inés de Courtenay (este matrimonio fue anulado por haber consanguinidad entre ambos, por lo que posteriormente se pudo casar, como se ha dicho, con María Comneno), quien tenía una gran influencia tanto en el reino como sobre su hijo Balduino IV. Inés, a su vez, era apoyada por un gran número de parientes recién llegados al reino, entre los que se incluían Reinaldo de Châtillon, Guido de Lusignan y Amalarico de Lusignan, a los que la reina madre daba su apoyo político. Heraclio, arzobispo de Cesarea y más tarde Patriarca, también apoyaba a Inés. La segunda facción estaba formada por el "partido de los nobles", cuyo líder era el conde de Trípoli Raimundo III, y al que a su vez apoyaba la nobleza que llevaba largo tiempo establecida en el Reino, descendientes todos ellos de los primeros cruzados, tales como la familia Ibelín. Balduino IV, al ser leproso, nunca podría casarse y por tanto dar un heredero al reino. De este modo, la sucesión se enfocó hacia su hermana Sibila. Raimundo de Trípoli, quien actuaba como regente al principio del reinado de Balduino IV, hizo casar a Sibila con Guillermo de Montferrato, del cual quedó embarazada del futuro Balduino V, pero al poco tiempo Guillermo murió. Mientras tanto, el partido de los nobles obtuvo un aliado muy poderoso, la madre política de Balduino IV, María Comneno, quien se casó con Balián de Ibelín.
Balduino IV llegó a la mayoría de edad en 1176 y a pesar de su enfermedad ya no tuvo necesidad alguna del apoyo legal de un regente. Siendo rey, derrotó a Saladino en la batalla de Montgisard en 1177, dando un respiro a Jerusalén frente a los continuos ataques de Saladino. Hacia 1180, la salud de Balduino era cada vez peor, y Sibila fue nuevamente casada por segunda vez con Guido de Lusignan, partidario de Inés y a quien se nombró regente del reino. Esta regencia encontró gran oposición por parte del partido de la nobleza, al que consideraban incompetente y se negaron a seguirle como líder en la guerra. En 1183 Raimundo y los nobles obligaron a que el hijo de Sibila, Balduino V, fuese coronado como co-príncipe reinando junto con su tío Balduino IV, decidiéndose que al morir éste su sobrino le heredaría, evitando completamente el mandato de Sibila y Guido.
Balduino IV murió en 1185, y Balduino V heredó el reino siendo su regente Raimundo. La crisis sucesoria hizo que se enviara una misión a Occidente con el fin de recabar ayuda, el patriarca Heraclio viajó por todas las Cortes de Europa, pero nadie respondió a su llamada. La Crónica de Ralph Niger explica que sus enormes gastos así como su opulenta vestimenta ofendían las sensibilidades de los europeos occidentales, ostentación que no consideraban adecuados para un Patriarca; concluyendo que si Oriente era tan rico como para permitir esos gastos, no había necesidad de ayuda alguna por parte de ellos. Heraclio ofreció el reino tanto a Felipe II de Francia como a Enrique II de Inglaterra; este último, como sobrino nieto de Fulco, por lo que era primo de la familia real y además había prometido ir a la Cruzada varios años antes, tras el asesinato de Tomás Becket, no obstante, prefirió permanecer en su reino para defender sus territorios. Según Ralph, el Patriarca Heraclio llegó a ofrecer la corona a cualquier otro príncipe que acudiera a Tierra Santa, pero nadie mostró el más mínimo interés.
Balduino V era un niño enfermizo y murió al año siguiente. El reino entonces fue heredado por su madre Sibila, con la condición de que su matrimonio con Guido de Lusignan fuera anulado, con lo que ella estuvo de acuerdo siempre y cuando pudiera elegir su siguiente marido. Sibila, al ser coronada eligió como esposo otra vez a Guido. El "partido de los nobles" había sido burlado por lo que intentaron llevar a cabo un golpe de estado, eligiendo como reina a la hermanastra de Balduino y Sibila llamada Isabel, casada con Hunfredo IV de Torón. No obstante, Hunfredo, no quiso iniciar una guerra civil, y abandonó el partido de los nobles. Raimundo, disgustado, volvió a Trípoli, y con él otros nobles tales como Balduino de Ibelín.
Pérdida de Jerusalén y Tercera Cruzada
Guido de Lusignan demostró ser un pésimo gobernante. Su mejor aliado, Reinaldo de Châtillon, señor de la Transjordania y de la fortaleza de Kerak (bandido con el título de caballero que no se consideraba atado por las treguas firmadas), provocó a Saladino llevándole a una guerra abierta al atacar caravanas musulmanas y amenazando la propia Meca mediante ataques piratas a los barcos de peregrinos. El ataque llevado a cabo contra una caravana en la que viajaba la hermana de Saladino fue la gota que colmó el vaso. Para empeorar las cosas, Raimundo de Trípoli se había aliado con Saladino contra Guido y le había permitido que ocupara su feudo de Tiberíades con una pequeña guarnición. Guido, de hecho, estaba a punto de atacar a Raimundo hasta que Balián de Ibelín y el "partido de los nobles" consiguió que se reconciliaran en 1187, de este modo, ambos se unieron para atacar a Saladino en Tiberíades. Sin embargo, Guido y Raimundo no fueron capaces de ponerse de acuerdo para hacer un plan de ataque, y el 4 de julio de 1187, el ejército del reino fue vencido totalmente en la batalla de los Cuernos de Hattin. Reinaldo fue ejecutado personalmente por Saladino y Guido quedó prisionero en Damasco. A lo largo de los meses siguientes, Saladino reconquistó la totalidad del reino, a excepción del puerto de Tiro que consiguió defenderse dirigido por el recién llegado Conrado de Montferrato.
La consiguiente toma de Jerusalén en octubre de ese año conmocionó a Europa, lo que sirvió para que se llevara a cabo la Tercera Cruzada que llegó a las costas de Tierra Santa en 1189, liderada por Ricardo Corazón de León y Felipe II de Francia, también conocido como Felipe Augusto (Federico I Barbarroja precisamente murió en el camino hacia la Cruzada, ahogado al cruzar un río). Gracias al esfuerzo de Ricardo la mayor parte de las ciudades costeras de Siria fueron nuevamente conquistadas por las cruzados, en especial la ciudad de Acre, aunque en este caso tras un largo asedio en el que el patriarca Heraclio, la reina Sibila y otros muchos murieron de una epidemia. Guido de Lusignan a quien se le negó la entrada en la ciudad de Tiro cuando Conrado de Monferrato la defendía, ahora, no tenía derecho legal alguno sobre el reino de Jerusalén y la sucesión pasó a Isabel, la hermanastra de la reina Sibila. Conrado argumentó contra el matrimonio de Isabel con Hunfredo que era ilegal, ya que ella tenía 11 años cuando se llevó a cabo y con el apoyo de Felipe II de Francia y los cruzados franceses anuló dicho vínculo. De este modo Conrado se casó con Isabel, pero reinó por poco tiempo ya que fue apuñalado por la secta de los "Asesinos". Isabel rápidamente volvió a casarse con el conde Enrique II de Champaña. A Guido, en compensación por todo lo acontecido se le otorgó el recién creado reino de Chipre, isla que conquistó Ricardo Corazón de León camino de Acre.
Mientras, Ricardo y Felipe peleaban entre ellos hasta que finalmente Felipe regresó a Francia. Ricardo derrotó a Saladino en la batalla de Arsuf en 1191 y en la batalla de Jaffa en 1192, sin embargo no pudo recobrar Jerusalén ni tampoco territorio alguno del interior del reino. La Cruzada llegó a su fin pacíficamente, con el Tratado de Ramala que se negoció en 1192; Saladino autorizó el peregrinaje a la ciudad de Jerusalén, permitiendo que los cruzados llevaran a cabo sus votos para después, todos ellos volver a su tierra. Los cruzados nativos nobles reconstruyeron el reino, o lo que quedaba de él, desde la ciudad de Acre así como desde otras ciudades costeras.