En esta labor contó con la inestimable ayuda de Guillermo de Nogaret, canciller del reino, famoso en la historia por haber sido el estratega del incidente de Anagni, en el que Sciarra Colonna había abofeteado al papa Bonifacio VIII. El Sumo Pontífice murió de humillación al cabo de un mes. También del inquisidor general de Francia, Guillermo Imberto, más conocido como Guillermo de París; y de Eguerrand de Marigny, quien al final se apoderará del tesoro de la orden y lo administrará en nombre del rey, hasta que se transfiera a la orden de los Hospitalarios.
Para ello se sirvieron de las acusaciones de un tal Esquieu de Floyran, espía a las órdenes tanto de la Corona de Francia como de la Corona de Aragón.
Se les acusó de sacrilegio a la cruz, herejía, sodomía y adoración a ídolos paganos: de escupir sobre la cruz, renegar de Cristo a través de la práctica de ritos heréticos, de adorar a Baphomet y de tener contacto homosexual, entre otras cosas.
Parece ser que Esquieu acudió a Jaime II de Aragón con la historia de que un prisionero templario, con quien había compartido una celda, le había confesado los pecados de la orden. Jaime no le creyó y lo echó «con cajas destempladas...», así que Esquieu fue a Francia a probar suerte ante Guillermo de Nogaret, que no tenía más voluntad que la del rey, y que, creyera o no creyera en el mismo, no perdió la oportunidad de utilizarlo para la operación que, a la postre, llevó a disolver la orden.
Felipe despachó correos a todos los lugares de su reino, con órdenes estrictas de que nadie los abriera hasta el jueves, 12 de octubre de 1307, en la que se podría decir que fue una operación conjunta simultánea en toda Francia. En esos pliegos se ordenaba capturar a todos los templarios y requisar sus bienes. De esta manera, en Francia, Jacques de Molay, último gran maestre de la orden, y ciento cuarenta templarios fueron encarcelados.
Llevada a cabo sin la autorización del papa, que tenía bajo su directa jurisdicción las órdenes militares, esta investigación era radicalmente corrupta en cuanto a su finalidad y a sus procedimientos, pues los templarios habían de ser juzgados con respecto al Derecho canónico y no por la justicia ordinaria. Esta intervención del poder temporal en la esfera de personas aforadas y sometidas por ello a la jurisdicción papal, causó la protesta enérgica de Clemente V, que anuló el juicio íntegramente y suspendió los poderes de los obispos y sus inquisidores. No obstante, la acusación había sido admitida y permanecería como base irrevocable en todos los procesos subsiguientes.
Felipe el Hermoso sacó ventaja del «desenmascaramiento», y se hizo otorgar el título de «campeón y defensor de la fe» por la Universidad de París. En los Estados Generales convocados en Tours puso a la opinión pública en contra de los supuestos crímenes de los templarios. Más aún, logró que se confirmaran delante del papa las confesiones de setenta y dos presuntos templarios acusados, expresamente elegidos y entrenados de antemano. En vista de esta investigación realizada en Poitiers (junio de 1308), el papa, hasta entonces escéptico, finalmente se mostró interesado y abrió una nueva comisión, cuyo proceso dirigió él mismo. Reservó la causa de la Orden a la comisión papal, dejando el juicio de los individuos en manos de las comisiones diocesanas, a las que devolvió sus poderes.
Así pues, ese mismo verano Clemente ordenó una persecución de los caballeros allá donde se encontrasen. Ya arrestados todos sus miembros en Francia, fueron sometidos a torturas, mediante las cuales consiguieron que la mayoría de los acusados se declararan culpables de los cargos, inventados o no. Algunos incluso confesaron sin tortura, por miedo a ella. La amenaza fue suficiente. Tal fue el caso del mismo gran maestre, Jacques de Molay, que luego admitió haber mentido para salvar la vida. Solo en París, 36 de ellos murieron debido a los suplicios. El 10 de mayo de 1310 fueron quemados otros 54, y 4 más ocho días después. En esos años muchos más morirían en prisión.19
Esta misma misiva papal de 1308 arribó a varios reinos europeos, incluyendo el Reino de Hungría. Allí, el recientemente coronado Carlos I Roberto de Hungría tenía otros problemas mayores, pues una serie de «reyezuelos» (altos nobles) no reconocían su reinado y estaba en constante guerra contra ellos. En 1314, en el concilio de Zagrab, el rey húngaro y el alto clero decidieron finalmente disolver la provincia templaria húngara. Posteriormente, se procedió a confiscar sus propiedades en Hungría y en la región de Eslavonia (entonces dentro del reino húngaro), que pasaron a manos del rey. Posteriormente, Carlos I las donó a nobles y en su mayoría a la orden Hospitalaria, asunto que se concretó en la década de 1340, pues el rey dejó asentado en uno de sus documentos que entregaba momentáneamente las propiedades templarias (a un noble) mientras se aclaraba la situación y el destino de la orden.
La comisión papal asignada al examen de la causa de la orden había asumido sus deberes y reunió la documentación que habría de ser sometida al papa y al concilio convocado para decidir sobre el destino final de la orden. La culpabilidad de las personas aisladas, que se evaluaba según lo establecido, no entrañaba la culpabilidad de la orden. Aunque la defensa de la orden fue deficiente no se pudo probar que ésta, como cuerpo, profesara doctrina herética alguna o que practicase una regla secreta, distinta de la oficial. En consecuencia, en el Concilio General de Vienne, en el Delfinado, el 16 de octubre de 1311, la mayoría fue favorable al mantenimiento de la orden. Pero el papa, indeciso y hostigado por la corona de Francia principalmente, adoptó una solución salomónica: decretó la disolución, no la condena, y no por sentencia penal, sino por un decreto apostólico (bula Vox clamantis del 22 de marzo de 1312).
El papa reservó para su propio arbitrio la causa del gran maestre y de sus tres primeros dignatarios. Ellos habían confesado su culpabilidad y solo quedaba reconciliarlos con la Iglesia una vez que atestiguasen su arrepentimiento con la solemnidad acostumbrada. Para dar más publicidad a esta solemnidad, se erigió una plataforma para la lectura de la sentencia delante de la catedral Notre Dame de París. Pero, en el momento supremo, Molay recuperó su coraje y proclamó la inocencia de los templarios y la falsedad de su confesión, debida esta a las torturas sufridas y a las presiones del rey.
En reparación por este deplorable instante de debilidad, se declaró dispuesto a sacrificar su vida. Fue inmediatamente arrestado como herético reincidente, junto a otro dignatario que eligió compartir su destino, y fue quemado junto a Godofredo de Charnay atados a una estaca frente a las puertas de Notre Dame en l'Ille de France el día de la Candelaria (18 de marzo) de 1314.
Quema de templarios en Francia
En los otros países europeos, las acusaciones no fueron tan severas, y sus miembros fueron absueltos, Pero, a raíz de la disolución de la orden, los templarios se dispersaron. Sus bienes se repartieron entre los diversos estados y la orden de los Hospitalarios.
En la península ibérica pasaron a la corona de Aragón en el este peninsular, a Castilla en el centro y norte, a Portugal en el oeste y a los Hospitalarios. Tanto en Aragón como en Castilla surgieron varias órdenes militares que tomaron el relevo a la disuelta, como la orden de los Frates de Cáceres, Santiago, Montesa, Calatrava o Álcantara, a las que se concedió la custodia de los bienes requisados. En Portugal, el rey Dionisio les restituye en 1317 como Militia Christi o Caballeros de Cristo, asegurando así sus pertenencias (por ejemplo, el castillo de Tomar) en este país. En Polonia, los Hospitalarios recibieron la totalidad de las posesiones de los Templarios.
Actualmente en los archivos vaticanos se encuentra el pergamino de Chinon, que contiene la absolución del papa Clemente V a los Templarios. Aun cuando este documento tiene una gran importancia histórica, pues demuestra la vacilación del papa, nunca fue oficial y aparece fechado con anterioridad a las Bulas Vox in excelso, Ad providam y Considerantes, donde se procedió a la disolución de la Orden y a la distribución de sus bienes.
Así, según el texto de Vox in excelso: «Nos suprimimos (...) la Orden de los templarios, y su regla, hábito y nombre, mediante un decreto inviolable y perpetuo, y prohibimos enteramente Nos que nadie, en lo sucesivo, entre en la Orden o reciba o use su hábito o presuma de comportarse como un templario. Si alguien actuare en este sentido, incurre automáticamente en excomunión».
En concreto, el Manuscrito de Chinon está fechado en agosto de 1308. En esas mismas fechas, el papa emite la bula Facians Misericordiam, donde confirma la devolución de la jurisdicción a los inquisidores y emite el documento de acusación a los templarios, con 87 artículos de acusación. Asimismo, emite la bula Regnans in coelis, por la que convoca el Concilio de Vienne. Por tanto, estas dos bulas, que sí fueron promulgadas oficialmente, tienen validez desde el punto de vista canónico, mientras que el documento de Chinon es un mero «borrador» de gran importancia histórica, pero escasa importancia jurídica.